Biopython简单应用程序
Biopython简单应用程序详细操作教程
演示如何创建一个简单的Biopython应用程序来解析生物信息学文件并打印内容。通过这个示例帮助我们了解Biopython的一般概念，以及它在生物信息学领域的应用。
第1步 - 首先，创建一个示例序列文件
example.fasta，文件的内容如下：
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
>sp|P25730|FMS1_ECOLI CS1 fimbrial subunit A precursor (CS1 pilin)
MKLKKTIGAMALATLFATMGASAVEKTISVTASVDPTVDLLQSDGSALPNSVALTYSPAV
NNFEAHTINTVVHTNDSDKGVVVKLSADPVLSNVLNPTLQIPVSVNFAGKPLSTTGITID
SNDLNFASSGVNKVSSTQKLSIHADATRVTGGALTAGQYQGLVSIILTKSTTTTTTTKGT
>sp|P15488|FMS3_ECOLI CS3 fimbrial subunit A precursor (CS3 pilin)
MLKIKYLLIGLSLSAMSSYSLAAAGPTLTKELALNVLSPAALDATWAPQDNLTLSNTGVS
NTLVGVLTLSNTSIDTVSIASTNVSDTSKNGTVTFAHETNNSASFATTISTDNANITLDK
NAGNTIVKTTNGSQLPTNLPLKFITTEGNEHLVSGNYRANITITSTIKGGGTKKGTTDKK
fasta扩展名是指序列文件的文件格式。FASTA源于生物信息学软件FASTA，因此得名。FASTA格式具有多个顺序排列的序列，每个序列都有其自己的ID，名称，描述和实际序列数据。
第2步 - 创建一个新的python脚本
simple_example.py，然后输入以下代码并保存。
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
from Bio.SeqIO import parse
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Seq import Seq
file = open("example.fasta")
records = parse(file, "fasta") for record in records:
print("Id: %s" % record.id)
print("Name: %s" % record.name)
print("Description: %s" % record.description)
print("Annotations: %s" % record.annotations)
print("Sequence Data: %s" % record.seq)
print("Sequence Alphabet: %s" % record.seq.alphabet)
下面我们更深入地研究代码-
第1行，导入Bio.SeqIO模块中可用的解析类。Bio.SeqIO模块用于读取和写入不同格式的序列文件，而parse类用于解析序列文件的内容。
第2行，导入Bio.SeqRecord模块中的SeqRecord类。该模块用于处理序列记录，而SeqRecord类用于表示序列文件中可用的特定序列。
第3行，导入Bio.Seq模块中的Seq类。此模块用于操纵序列数据，Seq类用于表示序列文件中可用的特定序列记录的序列数据。
第5行，使用常规python函数打开example.fasta文件。
第7行，解析序列文件的内容，并将该内容作为SeqRecord对象的列表返回。
第9-15行，使用python for循环遍历记录，并打印序列记录(SqlRecord)的属性，例如id，名称，描述，序列数据等。
第15行，使用Alphabet类打印序列的类型。
第3步 - 打开命令提示符，然后转到包含序列文件example.fasta的文件夹，然后运行以下命令 -
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
> python simple_example.py
第4步 - Python运行脚本并打印示例文件example.fasta中所有可用的序列数据。输出将类似于以下内容：
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
Id: sp|P25730|FMS1_ECOLI
Name: sp|P25730|FMS1_ECOLI
Decription: sp|P25730|FMS1_ECOLI CS1 fimbrial subunit A precursor (CS1 pilin)
Annotations: {}
Sequence Data: MKLKKTIGAMALATLFATMGASAVEKTISVTASVDPTVDLLQSDGSALPNSVALTYSPAVNNFEAHTINTVVHTNDSD
KGVVVKLSADPVLSNVLNPTLQIPVSVNFAGKPLSTTGITIDSNDLNFASSGVNKVSSTQKLSIHADATRVTGGALTA
GQYQGLVSIILTKSTTTTTTTKGT
Sequence Alphabet: SingleLetterAlphabet()
Id: sp|P15488|FMS3_ECOLI
Name: sp|P15488|FMS3_ECOLI
Decription: sp|P15488|FMS3_ECOLI CS3 fimbrial subunit A precursor (CS3 pilin)
Annotations: {}
Sequence Data: MLKIKYLLIGLSLSAMSSYSLAAAGPTLTKELALNVLSPAALDATWAPQDNLTLSNTGVSNTLVGVLTLSNTSIDTVS
IASTNVSDTSKNGTVTFAHETNNSASFATTISTDNANITLDKNAGNTIVKTTNGSQLPTNLPLKFITTEGNEHLVSGN
YRANITITSTIKGGGTKKGTTDKK
Sequence Alphabet: SingleLetterAlphabet()
在此示例中，我们已经使用了三个类，分别是parse，SeqRecord和Seq。这三个类提供了大多数功能，我们将在下一节中学习这些类。
