Biopython教程

Biopython安装

Biopython安装详细操作教程
本节介绍如何在计算机上安装Biopython。它非常容易安装,不超过五分钟就可以安装完成。

第1步 - 验证Python安装

Biopython旨在与Python 2.5或更高版本一起使用。因此,必须首先安装python。在命令提示符中运行以下命令:
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
> python --version
如下所示:
查看Python版本
如果安装正确,它将显示python的版本。否则,请下载最新版本的python,进行安装,然后再次运行命令。

第2步 - 使用pip安装Biopython

在所有平台上都可以从命令行使用pip轻松安装Biopython。键入以下命令 -
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
> pip install biopython
屏幕上将显示以下结果 -
安装biopython
要更新旧版本的Biopython,键入以下命令 -
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
> pip install biopython –-upgrade
屏幕上将显示以下响应 -
更新旧版本的Biopython
执行此命令后,在安装最新版本之前,将删除旧版本的Biopython和NumPy(取决于Biopython)。

第3步 - 验证Biopython安装

现在,您已经在计算机上成功安装了Biopython。要验证Biopython是否已正确安装,请在python控制台上键入以下命令 -
验证Biopython安装
它显示了Biopython的版本。
备用方式-使用Source安装Biopython
要使用源代码安装Biopython,请按照以下说明进行操作-从以下链接下载Biopython的最新版本 - https://biopython.org/wiki/Download截至目前,最新版本是biopython-1.72。下载文件并解压缩压缩的存档文件,移至源代码文件夹并键入以下命令:
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
> python setup.py build
它将从下面给出的源代码构建Biopython -
源代码构建Biopython
现在,使用以下命令测试代码 -
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
> python setup.py test
setup.py test
最后,使用以下命令安装 -
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
> python setup.py install
setup.py install
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