Biopython Motif对象
Biopython Motif对象详细操作教程
序列基序是核苷酸或氨基酸序列模式。序列基序是由可能不相邻的氨基酸的三维排列形成的。Biopython提供了一个单独的模块Bio.motifs来访问序列基序的功能，如下所示-
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
# Author by : www.lidihuo.com
# Date : 2020-08-25
from Bio import motifs
1. 创建简单的DNA图案
使用以下命令创建一个简单的DNA基序序列 -
# Filename : example.py
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# Date : 2020-08-25
>>> from Bio import motifs
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> DNA_motif = [ Seq("AGCT"),
... Seq("TCGA"),
... Seq("AACT"),
... ]
>>> seq = motifs.create(DNA_motif)
>>> print(seq) AGCT TCGA AACT
要计算序列值，请使用以下命令-
# Filename : example.py
# Copyright : 2020 By Lidihuo
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# Date : 2020-08-25
>>> print(seq.counts)
0 1 2 3
A: 2.00 1.00 0.00 1.00
C: 0.00 1.00 2.00 0.00
G: 0.00 1.00 1.00 0.00
T: 1.00 0.00 0.00 2.00
使用以下代码按顺序计算A -
# Filename : example.py
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# Date : 2020-08-25
>>> seq.counts["A", :]
(2, 1, 0, 1)
如果要访问计数列，请使用以下命令-
# Filename : example.py
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# Date : 2020-08-25
>>> seq.counts[:, 3]
{'A': 1, 'C': 0, 'T': 2, 'G': 0}
2. 创建序列徽标
现在我们来看看如何创建序列徽标。考虑以下顺序-
# Filename : example.py
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# Date : 2020-08-25
AGCTTACG
ATCGTACC
TTCCGAAT
GGTACGTA
AAGCTTGG
创建图像后，现在运行以下命令 -
# Filename : example.py
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# Date : 2020-08-25
>>> seq.weblogo("seq.png")
该DNA序列基序被表示为LexA结合基序的序列标志。
3. JASPAR数据库
JASPAR是最受欢迎的数据库之一。它提供用于读取，写入和扫描序列的任何motif格式的工具。它存储每个motif的元信息。Bio.motifs模块包含一个专门的类jaspar.Motif，用于表示元信息属性。
它具有以下属性类型 -
matrix_id − 唯一的JASPAR motif ID。
name − motif的名称。
tf_family − motif族，例如’Helix-Loop-Helix’。
data_type − motif使用的数据类型。
在biopython文件夹中创建一个JASPAR网站格式：sample.sites。它定义如下-
# Filename : example.py
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# Date : 2020-08-25
sample.sites
>MA0001 ARNT 1
AACGTGatgtccta
>MA0001 ARNT 2
CAGGTGggatgtac
>MA0001 ARNT 3
TACGTAgctcatgc
>MA0001 ARNT 4
AACGTGacagcgct
>MA0001 ARNT 5
CACGTGcacgtcgt
>MA0001 ARNT 6
cggcctCGCGTGc
在上面的文件中，我们创建了motif实例。从上述实例创建motif对象-
# Filename : example.py
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# Date : 2020-08-25
>>> from Bio import motifs
>>> with open("sample.sites") as handle:
... data = motifs.read(handle,"sites")
...
>>> print(data)
TF name None
Matrix ID None
Matrix:
0 1 2 3 4 5
A: 2.00 5.00 0.00 0.00 0.00 1.00
C: 3.00 0.00 5.00 0.00 0.00 0.00
G: 0.00 1.00 1.00 6.00 0.00 5.00
T: 1.00 0.00 0.00 0.00 6.00 0.00
在这里，从sample.sites文件读取所有motif实例数据。要从数据中打印所有实例，请使用以下命令-
# Filename : example.py
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# Date : 2020-08-25
>>> for instance in data.instances:
... print(instance)
...
AACGTG
CAGGTG
TACGTA
AACGTG
CACGTG
CGCGTG
使用以下命令计算所有值-
# Filename : example.py
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# Date : 2020-08-25
>>> print(data.counts)
0 1 2 3 4 5
A: 2.00 5.00 0.00 0.00 0.00 1.00
C: 3.00 0.00 5.00 0.00 0.00 0.00
G: 0.00 1.00 1.00 6.00 0.00 5.00
T: 1.00 0.00 0.00 0.00 6.00 0.00
>>>
